Vers 1540, Métrophane, futur patriarche de Constantinople (1565-1572 et 1579-1580), refonda le monastère de la Sainte-Trinité sur l’île de Chalki (aujourd'hui Heybeliada, dans la mer de Marmara). Dans les années qui suivirent, il le dota peu à peu d’une importante bibliothèque. Formée de volumes de grande qualité et souvent anciens, la bibliothèque de la Sainte-Trinité apparaît comme l’une des collections majeures de manuscrits grecs qui ont été rassemblées dans l'ancienne capitale byzantine sous domination ottomane.

D’une manière assez exceptionnelle pour une bibliothèque grecque d’Orient, l'histoire de la bibliothèque peut être reconstituée, en particulier grâce à plusieurs inventaires, dont le plus ancien date de l’époque même de Métrophane, à des notes de possessions portées sur les volumes eux-mêmes et à de nombreuses mentions dans des récits de voyageurs.

"Pères, souvenez-vous de Métrophane". Note caractéristique des manuscrits de la Sainte-Trinité de Chalki.

La plupart des manuscrits sont actuellement conservés dans le fonds Sainte-Trinité (Hagia Trias) de la Bibliothèque du Patriarcat œcuménique de Constantinople et sont en cours de catalogage par l’équipe de l'IRHT (A. Binggeli, M. Cassin, M. Cronier et M. Kouroupou) sous le patronage de Sa Béatitude le Patriarche de Constantinople Bartholomée. Quant aux manuscrits prélevés au cours des siècles, ils se retrouvent dispersés dans plusieurs collections d’Europe et d’Amérique. Ils sont également en cours de description dans le cadre du projet.

Depuis 1844, l'École théologique de Chalki a été installée dans le monastère de la Sainte-Trinité. Si les manuscrits ne se trouvent plus sur place (ils ont été rapatriés au siège du Patriarcat à Istanbul dans les années 1930), la bibliothèque de l'École théologique conserve toujours une très belle collection de livres imprimés.