Γύρω στο 1540 ο Μητροφάνης, μετέπειτα πατριάρχης Κωνσταντινουπόλεως (1565-1572 και 1579-1580), επανίδρυσε τη Μονή Αγίας Τριάδος στη νήσο Χάλκη (σήμερα Heybeliada, στη θάλασσα του Μαρμαρά). Στα χρόνια που ακολούθησαν, την προίκισε σταδιακά με μια πλούσια βιβλιοθήκη. Αποτελούμενη από κώδικες υψηλής ποιότητας - συχνά αρκετά παλαιούς - η βιβλιοθήκη της Αγίας Τριάδος αποτελεί μία από τις βασικές συλλογές ελληνικών χειρογράφων που συγκεντρώθηκαν στην παλαιά βυζαντινή πρωτεύουσα υπό την οθωμανική κυριαρχία.

Είναι εφικτό να ανασυνθέσουμε την ιστορία της, πράγμα αρκετά σπάνιο για μια ελληνική βιβλιοθήκη του ανατολικού χώρου. Αυτό συμβαίνει χάρις στο μεγάλο αριθμό καταλόγων, εκ των οποίων ο παλαιότερος χρονολογείται στην εποχή του Μητροφάνη, σε κτητορικά σημειώματα πάνω στους ίδιους τους κώδικες και σε πλήθος αναφορών μέσα σε αφηγήσεις περιηγητών.

                "Οἱ πατέρες μέμνησθε τοῦ Μητροφάνους." Χαρακτηριστικό κτητορικό σημείωμα των χειρογράφων της Αγίας Τριάδος Χάλκης.   

Το μεγαλύτερο μέρος των χειρογράφων φυλάσσεται σήμερα στη συλλογή Αγίας Τριάδος (Hagia Trias) της βιβλιοθήκης του Οικουμενικού Πατριαρχείου Κωνσταντινουπόλεως και η καταλογογράφησή τους βρίσκεται σε εξέλιξη από την ομάδα του IRHT (A. Binggeli, M. Cassin, M. Cronier et M. Κουρουπού) υπό την αιγίδα της Αυτού Μακαριότητος του Πατριάρχου Κωνσταντινουπόλεως Βαρθολομαίου. Όσον αφορά τα χειρόγραφα που αποσπάσθηκαν ανά τους αιώνες, βρίσκονται διάσπαρτα σε πολλές συλλογές της Ευρώπης και της Αμερικής. Η περιγραφή τους βρίσκεται επίσης σε εξέλιξη στο πλαίσιο του ερευνητικού προγράμματος.

Από το 1844, η Θεολογική Σχολή της Χάλκης στεγάζεται στη Μονή της Αγίας Τριάδος. Ακόμα και αν τα χειρόγραφα δεν βρίσκονται πλέον στην αρχική τους θέση (ο επαναπατρισμός τους στην έδρα του Πατριαρχείου Κωνσταντινουπόλεως χρονολογείται γύρω στο 1930), η βιβλιοθήκη της Θεολογικής Σχολής διαθέτει ακόμη μια πολύ όμορφη συλλογή εντύπων.