Για να πραγματοποιηθεί η εικονική ανασύσταση της βιβλιοθήκης της Μονής Αγίας Τριάδος Χάλκης ήταν απαραίτητο να αναπτυχθούν (ή να επεξεργαστούν εκ νέου), υπό μορφή δικτύου, ηλεκτρονικά εργαλεία προσαρμοσμένα στην εξέταση χειρογράφων και στην ιστορία των βιβλιοθηκών ελληνικών χειρογράφων.

Στον πυρήνα αυτού του ψηφιακού δικτύου βρίσκεται η διαδικτυακή βάση δεδομένων Pinakes : ελληνικά κείμενα και χειρόγραφα, η οποία αναδιαμορφώθηκε ευρέως για τις ανάγκες του ερευνητικού προγράμματος (νέα έκδοση διαθέσιμη στο διαδίκτυο από τον Μάρτιο 2014) και η οποία θα λειτουργεί στο εξής ως πύλη για τα ελληνικά χειρόγραφα.

Με αυτή τη βάση δεδομένων συνδέονται τα ειδικά ψηφιακά εργαλεία που είναι απαραίτητα για το ερευνητικό πρόγραμμα. Πρόκεται για το λογισμικό καταλογράφησης ΤΕΙ, για το εργαλείο έκδοσης καταλόγων βιβλιοθηκών επίσης υπό μορφή ΤΕΙ (διαθέσιμα προσεχώς), και για την BVMM (Εικονική Βιβλιοθήκη Μεσαιωνικών Χειρογράφων), η οποία λειτουργεί ως τράπεζα ψηφιακών εικόνων για το ΙRHT.

H βάση δεδομένων συνδέεται επίσης μέσω δικτύου με άλλα ψηφιακά μέσα για τα ελληνικά χειρόγραφα, χάρις στη δημιουργία της πύλης Diktyon (Σεπτέμβριος 2013).